Mộ Dung Bảo sinh năm Nguyên Tỷ thứ 4 (355) thời Hoàng đế Mộ Dung Tuấn của Tiền Yên trị vì.[5] Ông là con trai thứ tư của Mộ Dung Thùy với người vợ đầu là Đoàn vương phi, lúc đó phụ thân ông đang có tước hiệu Ngô vương. Ban đầu, ông không được lập làm thế tử mà là anh cùng mẹ là Mộ Dung Lệnh. Đoàn vương phi mất năm 358 trong ngục sau khi bị vu cáo dùng yêu thuật chống lại hoàng đế và Khả Túc Hồn hoàng hậu. Sau đó, Mộ Dung Thùy bị Khả Túc Hồn thái hậu và nhiếp chính vương Mộ Dung Bình nghi ngờ trong thời gian trị vì của Mộ Dung Vĩ. Mộ Dung Bảo là một trong số các thành viên của gia đình Mộ Dung Thùy cùng chạy trốn đến hàng Tiền Tần. Sau đó, anh cả Mộ Dung Lệnh rơi vào bẫy của thừa tướng Tiền Tần là Vương Mãnh khi trốn thoát trở lại Tiền Yên và rồi bị giết chết, Mộ Dung Bảo vì thế trở thành thế tử.[6]

Khi niên thiếu, ông là người nhanh nhẹn quả cảm, giữ chí hướng, song thân thiết với người nịnh bợ mình. Thời Hoàng đế Phù Kiên của Tiền Tần, ông được bổ nhiệm là Thái tử tẩy mã, vạn niên lệnh. Năm 383, khi Phù Kiên tiến hành chiến dịch chống Đông Tấn nhằm thống nhất Trung Quốc, Mộ Dung Bảo được giữ chức Giang Lăng tướng quân.[5] (song quân Tiền Tần đại bại trong trận Phì Thủy).

Đến khi quân Tiền Tần sụp đổ, hoàng đế Phù Kiên của Tiền Tần đã chạy đến chỗ của Mộ Dung Thùy. Mộ Dung Bảo cố thuyết phục phụ thân giết chết Phù Kiên và nổi loạn, trung hưng quốc gia giống Thiếu Khang khi xưa, song Mộ Dung Thùy từ chối. Tuy nhiên, Mộ Dung Thùy sau khi được Phù Kiên cử đi bình định vùng đông bắc của đế quốc thì quyết định nổi dậy. Đến mùa xuân năm 384, sau khi Mộ Dung Thùy xưng làm Yên vương, tuyên bố độc lập trên thực tế khỏi Tiền Tần, Mộ Dung Bảo đã được lập làm Yên vương thái tử.[6]